Michał Bobrzyński (1849 – 1935) był historykiem (profesorem), współtwórcą krakowskiej szkoły historycznej, prawnikiem, politykiem konserwatywnym (stańczykiem), posłem na galicyjski Sejm Krajowy i do austriackiej Rady Państwa, dożywotnim członkiem austriackiej Izby Panów, namiestnikiem Galicji i austriackim ministrem dla Galicji.
W Dziejach Polski w zarysie dał swój oryginalny pogląd na losy naszego kraju. Zwrócił uwagę między innymi na przywileje Kościoła: „(…) Wpośród społeczeństwa zdziczałego w niesnaskach domowych, strwożonego napadami wrogów, żyjącego z dnia na dzień, pogrążonego w grubej ciemnocie i oddającego się bez różnicy stanu rozpuście, wpośród społeczeństwa, w którym chciwość łączyła się z rozrzutnością, słabość z okrucieństwem i awanturniczą lekkomyślnością, spotykamy coraz to liczniejsze postacie, które uciekają od świata, zamykają się w klasztornych murach i oddają pobożności i miłosiernym uczynkom. Nigdy Polska nie wydała tylu świętych i błogosławionych”.
Jak z tego wynika, mamy do czynienia w naszym średniowieczu z zacofaniem i bezładem, wśród których pojawiają osoby świątobliwe. Jest ich jednak garstka i nie mogą one w wirze własnych spraw wpływać na przywileje Kościoła, który zdaje się coraz bardziej niezależny: „Na nowych podstawach, na swoim własnym prawie kanonicznym organizuje się polski Kościół, a sądownictwo jego rozciąga się nie tylko na duchownych, lecz także na ludność w dobrach kościelnych osiadłą, a w wielu sprawach także i na całe społeczeństwo katolickie. Na straży jego orzeczeń stoi interdykt, klątwa, a w ostateczności pomoc świeckiego ramienia. Kościół i duchowieństwo zamieniają się w odrębny stan polityczny, wyposażony pełnym samorządem. Książęta utracili wpływ na obsadzanie kościelnych dostojeństw, kapituły katedralne chwyciły w myśl ustaw kanonicznych prawo wyboru biskupów, a od tego też czasu nie tylko biskupi przestają się na książąt oglądać, ale i niżsi duchowni nie ubiegają się już o łaskę książąt, wiedząc, że tylko w obrębie kościoła strzeżeniem jego ducha i jego interesów mogą sobie znaczenie i godności zdobyć (…)”
Wielkim osiągnięciem historycznym był na pewno powiew nowego ruchu, który zwał się humanizmem. Uniwersytet Jagielloński propagował jeszcze naukę scholastyczną, ale liczne podróże Polaków do Włoch sprzyjały temu nowoczesnemu trendowi. Co ważne, wykraczała ona poza dotychczasową pozycję Kościoła. Humanistami otaczał się król i bogata szlachta. Wykształceni za granicą członkowie możnych rodzin zaczęli nadawać odmienny styl życia i uprawiania polityki: „Nie przynosili z sobą humaniści moralności w zwykłym tego słowa pojęciu. Literatura starożytna, pogańska, nie mogła ich w tym kierunku podnieść, owszem wyrabiała w nich pewną lekkość obyczajów, swobodę i brak zasad moralnych w wyborze środków, prowadzących najłatwiej do celu. A jednak grono tych ludzi, związane ściśle kierunkiem swego wykształcenia, występuje w imię pewnej idei łącznie i solidarnie, dążące do jej urzeczywistnienia z prawdziwym zapałem, przynosiło wielką siłę moralną społeczeństwu średniowiecznemu, które na polu zasad swoich religijnych i politycznych już się było zupełnie rozprzęgło. Pierwsi nasi humaniści byli to politycy, prawnicy, którzy z długich a mozolnych studiów uwielbianego prawa rzymskiego wynosili nową ideę państwa starożytnego, podniesionego do najwyższej harmonii i potęgi kosztem swobody społecznej, wynosili przede wszystkim poczucie silnej władzy panującego, bezwzględnego rozkazu i stanowczej konsekwencji w postępowaniu. Ludziom tego rodzaju państwo średniowieczne, na przywileju stanów oparte, nie mogło się wydawać ideałem (…) zwierzchnia władza papieska i cesarska napełniała ich wstrętem (…)”
Dużo zamieszania przyniosła w Polsce reformacja. Wystąpienie Marcina Lutra (1517) udowodniło, że wszelkie dotychczasowe próby reform w Kościele okazały się daremne. Kolejne sobory nie były w stanie zreformować go: „Dopiero nadmiar zgorszenia i złego wywołał naturalną a zbawienną reakcję, powrót do chrześcijaństwa, do religii, do Boga. Powrót do chrześcijaństwa od pogańskiego humanizmu to dodatnia strona reformacji, w najszerszym pojętej znaczeniu. Wielki ruch religijny starał się na podstawie chrześcijańskiej naprawić to, co się od dawna zepsuło, podnieść, co upadło, a wydzielając z humanizmu to, co w nim było dobrym i pięknym, stopić je nierozerwalnie z cywilizacją chrześcijańską i dla dalszego zużytkować rozwoju. Był ten ruch zjawiskiem dziejowym powszechnym w łonie społeczeństw wychowanych na cywilizacji kościoła rzymskiego, a humanizmem dotkniętych, był dążeniem tym większym, że celu swego ostatecznie dopiął. Zbudził zagasłe już uczucie religijne, a za nim inne wzniosłe i szlachetne porywy, natchnął energią woli i czynu, przywrócił społeczeństwu zdrowie”.
Polska związana kulturowo z Zachodem stosunkowo szybko przejęła niemiecki punkt widzenia. Zaczęła przyjmować go szlachta, mieszczaństwo, a nawet znaczna część duchowieństwa. W ostateczności rozważano też za czasów Zygmunta Augusta powołanie Kościoła narodowego. Sprzyjali temu nasi wybitni myśliciele, a ich znana od XV wieku niechęć do Rzymu. Propagowano więc niezbędne reformy kleru: zniesienie celibatu, zjednoczenie obrządku zachodniego i wschodniego, komunia pod obiema postaciami i wprowadzenie języka polskiego do liturgii. Zabrakło jednak wytrwałości i siły w dążeniu do tego celu. Na drodze stanęły też ustalenia Soboru Trydenckiego (1545 – 1563), który zainicjował prąd zwany kontrreformacją. Wszystko to, co było innowiercze zostało zakazane, a na drodze nowych ustaleń mieli stać jezuici. Można to wszystko dokładnie podsumować: „(…) Faktem jest, że ruch religijny ogarnął wszystko, co w narodzie było zacne, inteligentne i przystępne religijnemu uczuciu, faktem jest, że z łona tego ruchu wyszedł jedyny program polityczny, jedyne solidarne stronnictwo, na które aż do sejmu czteroletniego zdobyliśmy się w nowożytnych dziejach (…) W XVII wieku starano się, ażeby reformację z dziejów naszych zupełnie wymazać i istnieniu jej zaprzeczyć. Dziś tą drogą iść niepodobna. Dziś nie możemy jej ograniczyć do aspiracji ku kościołowi narodowemu i do polemiki religijnej, a odmówić jej programu politycznego i zbudzenia literatury choćby dlatego, że nie widzielibyśmy jakiemu czynnikowi mamy te korzyści przypisać (…) Możemy też reformację uznać za błąd, z jej niebezpieczeństw zdać sobie w dziejach naszych sprawę (…) ale nie potrzebujemy jej czernić i dobre strony zasłaniać. Nie tylko zadanie historii, ale duma nasza narodowa na to nie pozwala (…)” Polityka religijna w XVII wieku za czasów Zygmunta III Wazy była zgodna z zaleceniami jezuitów, którymi król się otaczał. Ufał im bezgranicznie i się im poddawał. Wszelkie wysokie urzędy zajmowali ich wychowankowie. Polska była tylko grą ich interesów: „Na wielkiej szachownicy europejskiej była dla jezuitów Polska pionem, który należało obrócić i posunąć dla ogólnej sprawy, nie pytając się bynajmniej o to, czy się ten pion nie złamie i nie skruszy. Politykę tę popierała z rzadka zresztą nieznajomością czy lekceważeniem stosunków Polski kuria rzymska; dla niej również Polska stanowiła tylko prowincję kościelną, którą dla dobra kościoła można było, a w danym razie należało nawet poświęcić. Inaczej jednak sądzić musimy króla, który w Polsce widzieć miał naród i państwo, a pierwszy je dla interesu kościoła poświęcał. Zygmunt III dalej nawet szedł od jezuitów i kurii rzymskiej(…)”
O niechlubnej roli wspomnianego zakonu świadczy chociażby jego rola w rokoszu Zebrzydowskiego: Wiedzieli, że katolicyzm odniósł zwycięstwo, że do osiągnięcia zupełnego na cały naród wpływu o wiele lepiej posłuży im apoteoza szlacheckiej wolności niż absolutnej władzy. Nie wahają się też na chwilę, w nowych wydaniach kazań sejmowych Skargi wypuszczają głośne kazanie o monarchii, stają odważnie przed wzburzoną szlachtą, tłumaczą się, że nigdy za monarchią nie przemawiali, godzą się z wolnością szlachecką, od czego jeden krok dalej prowadził do wywieszenia hasła, że kościół katolicki jest najlepszym tej wolności stróżem (…) Bobrzyński podsumował to tak: „Zmarnowała Polska bezpowrotnie dwa wielkie prądy dziejowe, które niosły ze sobą rząd i rozwój, to jest reformację, a następnie katolicką reakcję, a tak na nowy prąd dziejowy, który była dopiero rewolucja francuska, musiała przez dwa wieki czekać”.
Za czasów Jana III Sobieskiego polityka kościelna skomplikowała się. Polska z orbity stosunków polsko – francuskich przeszła na pozycje polsko – austriackie: „Stronników takich umiał sobie zjednać nawet taki elektor brandenburski, o wiele łatwiej przyszło tego celu dopiąć zagrożonej przymierzem polsko – francuskim Austrii i wspierającej Austrię przeciw Turcji kurii rzymskiej. Biskupi – senatorowie słuchali rozkazów Rzymu i nuncjusza, kilkunastu magnatów pozyskano zwykłymi środkami, w szlachcie poruszono jedyne szlachetniejsze, jakie im pozostało, religijne uczucie, zapalono ją do wojny świętej przeciw Turkom, a Stolica Apostolska użyła całego swego wpływu, ażeby politykę francuską, jako niechrześcijańską, w Polsce zohydzić i do ratyfikacji pokoju żórawińskiego [Polska w jego wyniku miała dostać 2/3 Ukrainy, a reszta miała przypaść Kozakom pod zwierzchnictwem Turcji] nie dopuścić Pod niemałą więc presją posłów austriackich, nuncjuszów papieskich, duchowieństwa i szlachty zostawał Jan III i ostatecznie jej uległ”.
Jak stąd widać, Polska XVII wieku pozostawała pod znacznym wpływem kontrreformacji. Szlachta i magnateria, która wiek wcześnie optowała za protestantyzmem, przeszła teraz na pozycje katolickie. Spowodowało to w konsekwencji wzrost znaczenia Kościoła, który popierał złotą wolność i wyraźnie wskazywał na znaczenie hasła, że każdy Polak to katolik. Miało to opłakane skutki. Prowadzenie wojen, które były na rękę Stolicy Apostolskiej nie odpowiadały tak naprawdę Rzeczpospolitej i w konsekwencji doprowadziły do jej upadku w wyniku dojmującej słabości króla.